Фамилия Ямура — редкий случай, когда русская по форме фамилия имеет, скорее всего, нерусское происхождение. Внешне она напоминает типичную восточнославянскую модель с суффиксом -а, но её основа не укладывается в привычные прозвища или крестильные имена. Если бы это была русская фамилия, её логичнее было бы писать как Ямуров или Ямурин, но окончание -а указывает на иную языковую традицию.

Самый вероятный источник — японская фамилия Ямура (山村), которая переводится как «горная деревня» (яма — гора, мура — деревня). В России такие фамилии могли появиться у потомков японских военнопленных времён русско-японской войны 1904–1905 годов, у специалистов, работавших в СССР в 1920–1930-е годы, или у эмигрантов. При адаптации японское окончание -ура (村) могло быть осмыслено как русское -а, и фамилия закрепилась в неизменяемой форме.

Менее распространённая версия — искусственное происхождение. В советское время при смене паспортов или записи в ЗАГСЕ могли создать фамилию от слова «яма» с суффиксальным оформлением по типу «горы — Гора», «ямы — Ямура». Но это маловероятно, так как у русских фамилий от нарицательных существительных женского рода обычно образуются формы на -ин (Ямин) или -ов (Ямов). Форма Ямура для такой модели нетипична.

Если отбросить японскую гипотезу, то остаётся лишь предположить, что фамилия могла возникнуть в среде тюркских народов, где -ура — частый компонент (например, башкирское «ямур» — дождь), но и здесь окончание -а нехарактерно для фамилий. Поэтому наиболее убедительным остаётся японский след: носители фамилии Ямура в России — потомки людей, чьи предки носили фамилию 山村, а сама она — одно из немногих напоминаний о давних русско-японских контактах.