Фамилия Яндакова — женская форма фамилии Яндаков, и её разбор стоит начать с мужского варианта, чтобы понять корень. Основа «Яндак» — это, скорее всего, не славянское слово, а тюркское прозвище или имя. В тюркских языках «яндак» или «яндык» может означать «бок», «сторона», «обочина», а в переносном смысле — «тот, кто держится в стороне», «отшельник» или «одинокий человек». В казахском и башкирском языках есть слово «яндау» — «быть рядом, примыкать», что даёт иной оттенок: «сосед», «примкнувший». Таким образом, прозвище Яндак мог получить либо человек нелюдимый, живущий особняком, либо, наоборот, тот, кто постоянно был рядом, «прилипала».

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов/-ев, который в женском роде переходит в -ова. Это типичный способ русификации тюркских имён и прозвищ в XVI–XIX веках, когда народы Поволжья, Приуралья и Сибири активно входили в состав Российского государства. Носители фамилии Яндаковы — это, вероятно, потомки татар, башкир, казахов или чувашей, получивших фамилию при крещении или при переписи. Важно, что суффикс -ак в основе (Яндак) характерен для тюркских прозвищ, обозначающих качество или действие: ср. татарское «яндак» — «бокастый», «кривобокий», что могло быть шутливым прозвищем человека с нестандартной фигурой.

Географически фамилия Яндаков встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а также среди башкир и татар, переселившихся в Среднюю Азию. В этих регионах тюркские корни не редкость, и фамилия не переосмысливалась как русская, сохранив исходное звучание. В некоторых говорах «яндак» могло быть искажением слова «янтак» — верблюжья колючка, но это менее вероятно, так как прозвища по растениям обычно имеют суффикс -ин (Янтаков).

Сравнение с однокоренными фамилиями: Яндаков, Яндашев, Яндиев. Яндашев — от имени Яндаш (тюрк. «попутчик»), а Яндиев — от ингушского имени Янди. Яндаков стоит особняком: суффикс -ак указывает не на родство, а на признак, что сближает его с прозвищами вроде Болдак (от «болд» — тупой) или Калдак (от «кал» — оставаться). Вероятно, первый Яндак был человеком, которого в деревне знали как «Яндак» — либо за его манеру держаться в стороне, либо за физическую особенность. Фамилия не имеет отношения к славянским корням, и её носители могут смело связывать свою родословную с тюркскими народами Урало-Поволжья.