Фамилия Яндаков — редкий случай, когда основа почти наверняка не славянская, а тюркская, и при этом фамилия оформлена по русской модели с суффиксом -ов. Это значит, что предок носителя фамилии, скорее всего, был тюркоязычным (татарином, башкиром, казахом или представителем другого тюркского народа) и получил русскую фамилию при крещении или при переходе на оседлый образ жизни. Собственно, фамилия и означает «сын (или потомок) Яндака».

В основе лежит мужское личное имя Яндак (или Янтак). В тюркских языках оно имеет прозрачную этимологию: «ян» — сторона, бок, душа, а «дак» — аффикс принадлежности или уменьшительности. В целом имя могло означать «родной», «близкий», «душевный». Встречается и другая версия: Яндак — это диалектное название верблюжьей колючки (янтак), но вряд ли родители называли сына в честь колючего кустарника, скорее это прозвище взрослого человека за неуживчивый или колючий характер. Обе версии имеют право на существование, но первая (от личного имени-пожелания) исторически правдоподобнее.

Географически фамилия Яндаков привязана к регионам, где издавна было смешанное русско-тюркское население: Башкортостан, Татарстан, Оренбургская и Челябинская области. Встречается она и у калмыков, где имя Яндак (Яндык) тоже известно. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется — она более поздняя, из числа тех, что окончательно оформились у крещёных татар и башкир в XIX веке.

Словообразовательная модель проста: к основе Яндак прибавили стандартный русский патронимический суффикс -ов, который вытеснил тюркские окончания вроде -улы или -оглы. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Янда́ков, хотя в устной речи встречаются варианты. Других однокоренных русских фамилий (вроде Яндаковский или Яндакин) практически нет, что подчёркивает её локальный и относительно поздний характер.