Фамилия Яндараев — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любую другую версию происхождения. В основе лежит топоним Яндаре — название села в Ингушетии. По этой модели образованы многие фамилии народов Северного Кавказа: к названию села или тейпа добавляли русский суффикс принадлежности -ев. Так Яндаре превратилось в Яндараев, то есть «родом из Яндаре», «принадлежащий к этому селу».

Фамилия явно ингушского происхождения. Село Яндаре — одно из старинных поселений в Назрановском районе. В ингушской традиции фамилии часто указывали на конкретный аул или тейп, из которого вышел род. Поэтому носители Яндараевых — это потомки выходцев из Яндаре, и фамилия сохранила прямую связь с местом, а не с личным именем или прозвищем.

Суффикс -ев — типичный для русификации кавказских фамилий. В XIX — начале XX века, при интеграции региона в состав Российской империи, многие местные имена и названия оформлялись по русской словообразовательной модели. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще прибавляли к основам на твёрдый согласный, -ев присоединялся к основам на мягкий или йот — в слове «Яндаре» конечный звук как раз мягкий.

Версия о происхождении от личного имени Яндар (гипотетическая тюркская или арабская основа) маловероятна. Такое имя не зафиксировано в распространённых ономастиконах, а топонимическая цепочка «село Яндаре — фамилия Яндараев» лежит на поверхности и не требует натяжек. Сословно фамилия не маркирована: её могли носить и уздени, и простые общинники, поскольку происхождение из конкретного села само по себе не указывало на знатность.

Встречаются варианты написания Яндарёв — с ударением на последний слог, что характерно для некоторых русских фамилий, образованных от топонимов. Однако в ингушской среде ударение, скорее всего, сохраняется на втором слоге: Яндарáев.