Фамилия Яндаркаев — одна из тех, где корень угадывается сразу, но точное значение ускользает. Основа здесь — «Яндарка», и это почти наверняка тюркское или кавказское мужское имя, уменьшительная форма. Суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного) указывает на принадлежность: «чей?» — Яндаркаев, то есть сын или потомок Яндарки. Такая модель — типичная для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, но сама основа в данном случае не славянская.

Разбирать фамилию стоит через призму географии. Наиболее вероятна её связь с чеченским или ингушским миром. В чеченском языке есть имя Яндар (вариант — Яндарби), а «Яндарка» — это его ласкательная или уменьшительная форма, распространённая в быту. Суффикс -ка здесь не русский уменьшительный (как в Ванька), а скорее тюркский или кавказский компонент, который мог прирастать к имени для придания ему более личного, «домашнего» звучания. Таким образом, Яндаркаев — это потомок человека по имени Яндарка.

Менее правдоподобна, но возможна версия, что в основе лежит топоним — название реки или селения. Например, в Ингушетии есть река Яндырка. Но для фамилий с суффиксом -ев обычно берётся не название реки, а прозвище человека по месту жительства (например, Яндырский). Поэтому версия с личным именем Яндарка выглядит убедительнее: она проще и типичнее для фамилий такого типа.

Сословная история фамилии не зафиксирована в дворянских родословных книгах. Скорее всего, предки Яндаркаевых были из крестьян или горских общинников, а сама фамилия оформилась в XIX — начале XX века, когда у народов Северного Кавказа начали массово фиксировать фамилии по русскому образцу. Интересная деталь: написание с буквой «е» в суффиксе (Яндаркаев, а не Яндаркаев) — это результат адаптации на письме: звук на стыке корня и суффикса произносится как «а», но по правилам русской орфографии пишется «е».