Фамилия Янгунаева — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы её разобрать, нужно отбросить привычные русские модели на -ов/-ев и посмотреть в сторону тюркских и кавказских языков.

Основа фамилии — мужское имя или прозвище Янгунай. В нём легко угадывается тюркский корень «ян» (душа, сторона) и компонент «гун» (день, солнце) или «гуна» (грех, вина), но прямое значение затемнено. Намного вероятнее, что Янгунай — это вариант имени Янгибай, где «янги» означает «новый», а «бай» — «богатый, хозяин». В тюркской ономастике такие имена давали младшему сыну или ребёнку, родившемуся после долгого ожидания, с пожеланием новой, лучшей жизни. Со временем «янги» могло редуцироваться до «янгу» под влиянием диалектов или кавказских языков, где этот суффикс встречается часто.

Суффикс -ев указывает на русскую адаптацию фамилии. В среде, где фамилию давали по отцу, Янгунаев — это «сын Янгуная». Женская форма Янгунаева закрепилась по той же модели, что и тысячи других русских фамилий, но с необычной основой.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу и Поволжью, особенно к Чечне, Ингушетии и Дагестану. У чеченцев и ингушей известен тейп (род) Янгу, и фамилия Янгунаева может быть связана именно с ним. В таком случае корень не тюркский, а местный, вайнахский, и расшифровывается через родовую принадлежность: «янгу» — название предка или местности, а окончание -наев/-наева — типичный для этих народов патронимический формант, который в русской записи слился с суффиксами.

Встречается фамилия и у татар, и у башкир, но там она, скорее всего, более поздняя, принесённая переселенцами или через смешанные браки. Спор между тюркской и кавказской версией решается просто: если предки из Чечни или Ингушетии — версия с тейпом Янгу правдоподобнее; если из Татарстана или Башкортостана — скорее, имя Янгибай.

Фамилия не из частых, в официальных списках и переписях XIX века почти не встречается, что указывает на позднее оформление — в конце XIX — начале XX века, когда крестьянам и горцам массово давали фамилии по отцу. Носители Янгунаевой — потомки людей, которые долго жили без фамилии, а получили её по имени деда или отца, сохранив в звучании память о тюркском или кавказском корне.