Фамилия Янгунаев — редкий случай, когда тюркская основа «срослась» с русским патронимическим суффиксом, но при этом не потеряла узнаваемой национальной окраски. Её ядро — личное имя Янгунай (Янгынай, Янгуней), которое состоит из двух частей: «ян» (душа) и «гун» (день) в тюркских языках, либо восходит к монгольскому «янгина» — звонкий, громкий. В любом варианте имя давали ребёнку с пожеланием звонкого голоса, яркой судьбы или «светлого дня». Суффикс -ев указывает на принадлежность: Янгунаев буквально означает «сын Янгуная».

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону и югу Сибири — местам расселения башкир, татар и сибирских народов, где тюркские имена были обычны. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков фамилии на -ев от тюркских основ фиксировались у служилых татар, ясачных людей и крещёных инородцев. Однако Янгунаев могла оформиться и позже, в XIX веке, когда крестьяне массово получали фамилии по имени отца. Сословная принадлежность предков неясна: это могли быть как государственные крестьяне, так и казаки — в Оренбургском казачьем войске встречаются схожие по модели фамилии.

Интересна орфографическая особенность: фамилия пишется через «е» в суффиксе, а не через «ё» (Янгунёв), что типично для восточных заимствований, где ударение часто падает на последний слог — Янгуна́ев. Встречаются варианты Янгунаев, Янгунаев, но написание с «а» в корне — основное. Родственные фамилии — Янгулов, Янгуразов, Янгиров — все они построены по той же схеме: тюркское имя + русский суффикс, что делает Янгунаева частью обширного пласта фамилий, отражающих многовековое соседство славянских и тюркских народов.