Фамилия Янибекова — редкий пример фамилии с тюркской основой и русским суффиксом принадлежности. В её основе лежит мужское имя Янибек, которое состоит из двух частей: «ян» (душа) и «бек» (господин, князь). В тюркской антропонимике такие составные имена были распространены у оседлых народов Поволжья, Приуралья и Кавказа. Дословно Янибек можно перевести как «чистая душа» или «живая душа», но точное значение зависело от диалекта.

Фамилия образована по стандартной для России модели: к основе Янибек- добавили патронимический суффикс -ов- и окончание -а, указывающее на женскую линию или принадлежность роду. В русской традиции фамилии на -ова закрепились за женщинами, но исторически форма Янибекова могла означать «дочь (или жена) Янибека». Мужской вариант — Янибеков.

Носители фамилии чаще всего встречаются в Дагестане, особенно среди кумыков и ногайцев, а также в Чечне и Ингушетии. Это указывает на то, что предки, вероятно, принадлежали к тюркоязычным народам Северного Кавказа, где имя Янибек было известно с XVI–XVII веков. Встречается фамилия и в Татарстане, но реже.

Стоит отметить, что фамилия не получила широкого распространения за пределами этих регионов и не фиксируется в старых дворянских родословных книгах. Скорее всего, предки носителей фамилии были свободными крестьянами или воинами: в тюркской среде имена с компонентом «бек» давали не только аристократам, но и людям, проявившим храбрость или лидерские качества.

В написании фамилии встречается вариант с одной «н» — Янибекова, но это ошибка, вызванная упрощением на слух. Правильная этимология требует двойного «н» в корне, хотя в бытовом произношении оно часто выпадает.