Фамилия Янбекова образована от мужского имени Янбек, которое пришло в русский язык из тюркской традиции. В основе лежат два компонента: «ян» (душа) и «бек» (господин, князь). Буквально имя Янбек означает «владыка душ» или «душа-господин» — типичный для тюркских народов композиционный антропоним, где вторая часть указывает на знатное происхождение или высокий статус. Такие имена давали с пожеланием, чтобы мальчик вырос достойным и уважаемым человеком.

Фамилия имеет патронимический суффикс -ов, адаптированный к русской грамматической системе, а женская форма Янбекова указывает на принадлежность к роду Янбековых. Встречается она преимущественно у татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья, где тюркские имена с компонентом «бек» были широко распространены. В русских документах фамилия могла фиксироваться с разным ударением, но наиболее вероятный вариант — на втором слоге: Янбе́кова.

Однокоренные фамилии — Янбеков, Янбеков, Янбиков — показывают, как варьировалось произношение и запись одного и того же имени в разных диалектах и при переписи. Например, форма Янбиков могла возникнуть под влиянием казанско-татарского говора, где гласный «е» переходит в «и». Встречается и фамилия Янбаев, где вторая часть восходит к слову «бай» (богач, хозяин), что близко по смыслу к «беку».

Сословно носители фамилии Янбекова в XIX веке относились чаще к государственным крестьянам или мещанам, реже — к купечеству. Точных данных о дворянских корнях нет, хотя сам компонент «бек» в имени часто ассоциируется с аристократией. В советское время фамилия не потерялась и сегодня встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в регионах с татарскими диаспорами — например, в Челябинской и Оренбургской областях.