Фамилия Яников — редкий случай, где основа, суффикс и ударение сразу указывают на нерусское происхождение. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Яников построена по тюркской модели. Суффикс -ик в русских фамилиях встречается редко и почти всегда заимствован: он характерен для украинских, польских и поволжско-татарских фамилий. В данном случае основа Яник — это краткая форма от мужского имени Ян (польская или западнославянская версия имени Иван) с добавлением уменьшительного суффикса -ик. То есть Яник — это «маленький Ян» или «Янка», а Яников — буквально «сын Яника». Такая модель типична для фамилий, которые оформлялись на стыке славянского имени и русского патронимического суффикса -ов.

Однако есть и вторая, не менее правдоподобная версия — тюркская. В татарском, башкирском и чувашском языках имя Ян (Йан) означает «душа», «близкий человек». Суффикс -ик в тюркских языках — уменьшительно-ласкательный (как в русском -чик). Яник тогда переводится как «душенька», «родной». Фамилия Яников могла возникнуть у крещёных татар, мишарей или чувашей, у которых русская администрация записывала фамилии по отцу с окончанием -ов. В пользу этой версии говорит география: фамилия Яников встречается в Поволжье (Татарстан, Чувашия, Башкортостан) чаще, чем в центральной России. Спор между версиями решается просто: обе модели работали одновременно, но тюркская даёт более прозрачную семантику без натяжек.

Словообразовательный анализ показывает, что фамилия Яников — патроним, образованный от прозвища или некалендарного имени Яник. В русских документах XVII–XVIII веков фиксировались имена Яник, Яниш, Янай — как правило, у нерусских народов, принявших православие. В отличие от фамилий на -ин (Яникин), форма на -ов указывает на мужской род основы и на то, что предок носителя фамилии носил имя Яник, а не Яника. Если бы основа была женской (от имени Яника), фамилия звучала бы как Яникин.

В словаре Веселовского «Ономастикон» упоминаний фамилии Яников нет — это говорит о её сравнительно позднем оформлении и локальном бытовании. Унбегаун в «Русских фамилиях» относит подобные образования на -иков к числу тех, что возникали на окраинах государства, где смешивались славянские и тюркские антропонимические традиции. Таким образом, носитель фамилии Яников почти наверняка имеет предков из зоны этнического контакта: из бывшего Казанского ханства, из южнорусских степей или из западнорусских земель, где влияние польской культуры было сильным. Однозначно определить, славянское происхождение у фамилии или тюркское, без генеалогического исследования невозможно, но обе версии ведут к одному выводу: предок Яникова был человеком с прозвищем или именем Яник, и это имя было достаточно распространённым, чтобы дать начало отдельной фамилии.