Основой фамилии Яниковская послужило имя Янек. Имя Янек представляет собой уменьшительную форму имени Ян, польского варианта крестильного мужского имени Иоанн, которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божия». Изменение «е» на «и» объясняется влиянием на облик фамилии произносительной нормы русского языка. Суффикс -овский дополнительно указывает на польское происхождение фамилии Яниковская. Это были притяжательные прилагательные с суффиксами –овский /-евский, -ич, изначально указывающие на имя главы семейства. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Янек, со временем получил фамилию Яниковская.