Фамилия Яникин образована от имени Яника. Оно, в свою очередь, является уменьшительной формой имени Ян, польского варианта крестильного мужского имени Иоанн (в переводе с древнееврейского – «милость Божия»). Само имя Яник является русифицированной формой польского Янек. Менее вероятно, что фамилия Яникин образовалась от имени Аникей – производная форма имен Иоанникий и Аникита (первое связано с греческим словом «никэ» – «победа», второе – с греческим «аникэтос» – «непобедимый»). Изменение «а» на «я» произошло по причине «яканья». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Яника, со временем получил фамилию Яникин.