Основой фамилии Яникова послужило церковное имя Яник. Фамилия Яникова образована от имени Яник. Оно, в свою очередь, является уменьшительной формой имени Ян, польского варианта крестильного мужского имени Иоанн (в переводе с древнееврейского – «милость Божия»). Само имя Яник является русифицированной формой польского Янек. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Яник, со временем получил фамилию Яникова.