Фамилия Яникеева — женская форма, мужская — Яникеев. В русском языке суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Яникеев, то есть потомок человека по прозвищу или имени Яникей. Основа здесь не славянская, а тюркская, причём довольно редкая для русских фамилий, что сразу выделяет её из ряда «Иванов — Петров — Сидоров».

Самое вероятное объяснение корня — татарское или башкирское имя Яникей (Янике). В тюркских языках имя могло быть образовано от слова «ян» (душа) с уменьшительным суффиксом -кей, то есть «душенька», «милый». Встречается и вариант, где Яникей — это диалектная форма имени Яныш, которое, в свою очередь, восходит к арабскому «яны» (новый). В любом случае, это личное имя, которое давали ребёнку, чтобы подчеркнуть его ценность или новизну в семье.

Географически фамилия Яникеевых тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками жили татары, башкиры, чуваши и русские, перенимавшие имена соседей. В метрических книгах XIX века Яникеевы встречаются в Казанской, Оренбургской и Уфимской губерниях. Скорее всего, предок носителя фамилии был крещёным татарином или башкиром, получившим фамилию по имени отца при переходе в православие.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов, которые часто образовывались от полных форм (Яковлев от Яков), форма на -ей в основе (Яникей) указывает на обиходное, уменьшительно-ласкательное прозвище. Это значит, что в быту предка звали не полным мусульманским именем, а домашним, коротким вариантом. Фамилия сохранила именно эту тёплую, семейную форму.

Сравните с однокоренными: есть фамилия Яников (от того же корня, но с другим суффиксом) и Яникеев — более редкая. Если Яников мог произойти от тюркского «янык» (жгучий, страстный), то Яникеев почти наверняка от имени, а не от прозвища по качеству. Спорных версий тут немного, и лингвисты склоняются к антропонимическому, а не прозвищному происхождению.

Таким образом, Яникеева — фамилия, которая ведёт родословную от человека по имени Яникей, жившего, скорее всего, в татарской или башкирской среде на востоке европейской России. Она хранит память о межэтнических контактах и о том, как личное, почти ласковое имя стало фамильным знаком на несколько поколений вперёд.