Фамилия Яныбин — редкая и неочевидная по происхождению. Её структура сразу бросается в глаза: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а основа Яныб- не имеет прямых аналогов в славянских языках. Это первый и главный ключ к разгадке: перед нами, скорее всего, фамилия тюркского корня, адаптированная русской патронимической моделью.

Наиболее вероятная версия связывает основу с тюркским мужским именем Яныб (или Янып). В татарском, башкирском и казахском языках это имя имеет значение «обновлённый», «возрождённый» (от корня «яңа» — новый). Имя давали ребёнку, родившемуся после трудных родов или в знак нового этапа в жизни семьи. Фамилия Яныбин, таким образом, означает «сын Яныба» или «потомок Яныба». Суффикс -ин здесь выполняет ту же роль, что и в русских фамилиях «Ильин» или «Никитин», только прикреплён к нерусской основе.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками жили татары, башкиры и чуваши, а затем происходила их интеграция в русское сословное общество. Встречается она и у крещёных татар (кряшенов), которые при переходе в православие часто сохраняли родовые имена в качестве фамилий. Документально фамилия фиксируется в метрических книгах Оренбургской и Уфимской губерний XIX века, что подтверждает её региональную привязку.

Менее убедительна, но возможна версия от прозвища Яныба, связанного с диалектным словом «яныб» (в некоторых тюркских говорах — «бок», «сторона»). Тогда прозвище мог получить человек, живший на отшибе, «сбоку» от основной деревни. Однако эта гипотеза слабее: в ономастике прозвища с таким значением редки, а вот личное имя Яныб — хорошо известно.

Фамилия не имеет отношения к дворянским родам и не встречается в родословных книгах Российской империи. Это фамилия крестьянского и мещанского сословия, что типично для поздних тюркских патронимов, оформившихся в XVIII–XIX веках. В советское время носители фамилии расселились шире, но до сих пор основная их часть живёт в Башкортостане, Татарстане и соседних областях.