Основой фамилии Яныгина послужило имя Яныга. В основу фамилии легло мужское имя Яныга, которое, в свою очередь, является уменьшительной формой имени Ян, польского варианта крестильного мужского имени Иоанн (в переводе с древнееврейского языка – «милость Божия»). Скорее всего, основатель рода Яныгиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Яныга, со временем получил фамилию Яныгина.