Фамилия Ярмуллин — один из тех редких случаев, когда тюркское имя легло в основу русского патронимического суффикса, но с местной, региональной огласовкой. Если разобрать её по модели, то перед нами типично русская фамилия на -ин, образованная от имени или прозвища Ярмулла. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ярмуллин, то есть сын или потомок Ярмуллы.

Корень фамилии — тюркское (скорее всего, татарское или башкирское) составное имя Ярмулла. Оно распадается на две части: «яр» (в тюркских языках может значить «друг», «товарищ», «возлюбленный» или «утёс», «обрыв» — в зависимости от диалекта) и «мулла» (духовное лицо, учёный, знаток Корана). В целом имя Ярмулла можно перевести как «друг муллы» или «спутник муллы», а в более широком смысле — «человек, близкий к духовенству» или даже «тот, кто при утёсе» (если в основе лежит географический объект). Вторая версия менее вероятна, но не исключена: в топонимике Поволжья и Приуралья встречаются урочища с корнем «яр» (обрыв, крутой берег).

Главная особенность фамилии Ярмуллин — её ареал. Она почти не встречается за пределами Волго-Уральского региона, особенно в Татарстане, Башкортостане и соседних областях. Это говорит о том, что фамилия сложилась в среде татарского или башкирского населения, которое в XIX веке массово получало русские по форме фамилии при переписях и введении всеобщей воинской повинности. Имя Ярмулла (или Ярмухаммет) было распространённым среди мусульман, а окончание -ин вместо более ожидаемого -ов указывает на то, что фамилия оформлялась по модели, типичной для русских фамилий от имён на -а/-я (как Ильин, Кузьмин). То есть исходное имя Ярмулла дало форму «Ярмуллин», а не «Ярмуллов».

В некоторых источниках можно встретить вариант Ярмулин (с одним «л»), но это, скорее всего, результат упрощения при записи или описка писаря. Полная форма с двумя «л» — исходная, поскольку в тюркской основе «мулла» удвоение согласного сохраняется.

О сословной принадлежности носителей фамилии трудно говорить однозначно. Судя по тому, что в основе лежит имя, связанное с духовным званием, предки Ярмуллиных могли быть из среды мулл или их близких, но не обязательно: имя давали и простым крестьянам. В XIX веке Ярмуллины числились в основном среди государственных крестьян и тептярей (сословие в Башкортостане, близкое к башкирам и татарам). Никаких дворянских родов с этой фамилией не известно.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Ярмуллин стоит в одном ряду с Ярмухаметовым, Ярмухановым, Ярмиевым — все они образованы от тюркских личных имён с первым компонентом «яр». Но именно суффикс -ин и двойное «л» делают фамилию локальным маркером: она почти наверняка указывает на происхождение из татаро-башкирской среды западного Приуралья.