Фамилия Яшагина восходит к имени Яков (каноническая форма Иаков). Оно имело ряд производных форм, одна из которых — Яшага — легла в основу данной фамилии. Имя же Иаков переводится с древнееврейского как «второй по рождению». Скорее всего, основатель рода Яшагиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Яшага, со временем получил фамилию Яшагин.