Фамилия Яценковский — классический пример того, как географическое название превращается в родовое имя. Её основа — топоним Яценковка или Яценково, а суффикс -ский прямо указывает на дворянскую или шляхетскую модель образования: так в Речи Посполитой, а затем и в Российской империи оформляли фамилии владельцев поместий или выходцев из определённой местности. Человек, первым получивший фамилию Яценковский, скорее всего, был либо помещиком, владевшим деревней Яценковка, либо её уроженцем, перебравшимся в другое место.

Корень «Яценк-» восходит к украинскому или белорусскому имени Яценко — уменьшительной форме от Яцек (польский вариант имени Иаков, то есть Яков). В украинской традиции суффикс -енко образует патронимы («сын Яцка»), поэтому Яценко — это буквально «Яковлевич» или «Яковлев». Таким образом, фамилия Яценковский вбирает в себя сразу два смысловых слоя: указание на отчество предка (Яценко) и привязку к месту (Яценковка). Подобная двойная мотивация встречается нечасто и говорит о том, что селение, скорее всего, получило название по фамилии первых поселенцев или владельцев.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям — современной Украине, Белоруссии и юго-западным областям России. В XIX веке Яценковские встречались среди мелкопоместной шляхты Волынской и Подольской губерний, а также среди казачьих старшин, которые после упразднения Гетманщины нередко оформляли себе фамилии на польский манер. В отличие от массовых крестьянских фамилий на -ов/-ев, форма на -ский долгое время сохраняла социальный оттенок: её носители почти всегда принадлежали к привилегированным сословиям или духовенству.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна и не даёт повода для споров. Единственный нюанс — возможное чередование «ц» и «ч» в народном произношении: в некоторых говорах фамилию могли произносить как Яченковский, но на письме закрепился вариант с «ц». Встречаются также однокоренные фамилии — Яценко, Яценков, Яцковский — все они восходят к одному и тому же имени Яцек/Яков.