Фамилия Яцененко — характерный пример того, как в русском языке закрепилась украинская модель образования фамилий. Её основа — имя Яцек, которое на украинской почве звучало как Яценко (уменьшительное от Яков, через польское Jacek или народное Яць). Суффикс -енко, типичный для центральной и левобережной Украины, означает «сын» или «потомок»: Яцененко — буквально «сын Яценка», то есть внук Яцека. Двойной суффикс (-ен- + -енко) встречается реже, чем простое Яценко, и усиливает оттенок принадлежности или указывает на конкретную ветвь рода.

В украинской ономастике фамилии на -енко массово формировались в XVI–XVII веках, особенно среди казачества и крестьянства. Яцененко, скорее всего, возникла в среде, где имя Яков было распространено, а его уменьшительная форма Яць — обиходной. В документах XIX века такая фамилия встречается в Полтавской, Черниговской и Харьковской губерниях, что подтверждает её восточноукраинское происхождение. Носители, вероятно, были потомками казаков или государственных крестьян, так как среди шляхты фамилии на -енко почти не встречались.

Интересно, что фамилия Яцененко, в отличие от более частой Яценко, сохранила следы диалектного произношения: в некоторых говорах двойное -ен- могло возникать как вариант при склонении или при добавлении суффикса к уже фамилизированной форме. Сейчас она редкая — в современных базах данных по России и Украине её носителей в разы меньше, чем Яценко или Яцевич. Это не делает её «неправильной»: напротив, она — живое свидетельство того, как в народной среде фамилии могли усложняться, подчиняясь логике рода, а не канцелярской норме.