Фамилия Йоненко — редкий случай, когда украинская модель образования накладывается на нетипичную для восточнославянских земель основу. Суффикс -енко, характерный для центральной и левобережной Украины, указывает на происхождение фамилии в XVII–XVIII веках и буквально значит «маленький», «сын» или «потомок». То есть Йоненко — это «сын Йона» или «потомок Йона».

Корень Йон- сразу выдаёт нерусское происхождение. В украинском языке нет исконного слова «йон» в значении имени. Скорее всего, перед нами адаптация западноевропейского имени Йонас (Jonas) или Иона. В библейской традиции имя Иона (др.-евр. «голубь») было известно через христианство, но в народной среде Украины оно редко встречалось в такой форме. Более вероятно, что Йоненко — это фамилия, возникшая в среде переселенцев из Германии, Прибалтики или Польши, где имя Йонас было распространено. Носитель фамилии мог быть потомком литовца, немца или поляка, осевшего на украинских землях и получившего прозвище Йон (Jon) — сокращение от Йонас.

Есть и вторая, менее правдоподобная версия: связь с диалектным украинским словом «йон» (в некоторых говорах — «он», «оный»), но она не находит серьёзной поддержки в ономастике. Словарь Б. Унбегауна и работы В. Никонова по украинским фамилиям не фиксируют корня «йон» как исконно славянского, что подтверждает гипотезу о заимствовании.

Географически фамилия Йоненко встречается крайне редко и в основном на западе Украины, в Волынской и Ровенской областях, а также среди украинской диаспоры в США и Канаде. В России она практически не встречается, что делает её уникальной даже на фоне других фамилий на -енко. Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским — такие фамилии часто закреплялись за простыми людьми в ходе переписей.

Таким образом, Йоненко — это не просто «украинская фамилия», а след миграции и культурного обмена: немецкое или литовское имя, обросшее украинским суффиксом и ставшее родовым знаком.