Фамилия Йоник — редкий случай в русском ономастиконе. Она почти не встречается в исторических документах до XX века, и её происхождение напрямую связано с советской паспортизацией народов Кавказа и Закавказья.

Фамилия образована не по стандартной русской модели с суффиксами -ов/-ев или -ин, а с помощью суффикса -ик. В русских фамилиях -ик чаще всего встречается в западнорусских и украинских землях (Кулик, Новик). Но в случае с Йоник основа указывает на иное происхождение. Корень «Йон» — это транслитерация имени Ион (библейское имя, в ряде языков звучащее как Йона или Йован). В армянской, грузинской, осетинской и греческой среде имя Йон или Йоник было распространено как краткая форма от Иоанн (Иван).

Наиболее вероятная версия: фамилия Йоник — русифицированная форма армянской фамилии Йоникян или грузинской Йоникашвили. В 1920–1930-е годы при выдаче паспортов многие окончания национальных фамилий отсекали или заменяли на более простые. Так Йоникян мог стать Йоником. В пользу этого говорит и то, что носители фамилии Йоник в России чаще всего проживают в Краснодарском крае, Ставрополье и Ростовской области — регионах, куда в советское время переселяли армян и греков.

Менее вероятная версия связывает фамилию с немецким корнем. В немецком Joenick или Jönick — вариант фамилии, образованной от личного имени Jöns (северогерманская форма от Иоганн). Но в России немецкие фамилии на -ик обычно писали как Йеник или Йонике, а не Йоник, поэтому эта гипотеза спорна.

Суффикс -ик в данном случае указывает на принадлежность: «сын Йона» или «маленький Йон». В славянской традиции такой суффикс уменьшительный, но в заимствованных фамилиях он часто теряет это значение и становится просто фамильным окончанием.

Встречается написание через «Ё» — Ёник. Это может быть следствием путаницы при записи в советских паспортных столах, где букву «ё» нередко заменяли на «е» или наоборот. Разницы в происхождении между Йоник и Ёник нет — это один и тот же корень.