Фамилия Юбко — редкий случай, когда прозвище почти полностью вытеснило крестильное имя. Её основа — Юбка, уменьшительная форма от имени Юрий (георгий в древнерусском быту превращался в Егора, Юрия, а в просторечии — в Юрку, Юшку и в южном варианте — в Юбку). Суффикс -ко типичен для украинской, белорусской и южнорусской ономастики: он указывает на «сына» или «потомка» человека, носившего это прозвище. То есть Юбко — буквально «сын Юбки», то есть Юрия.

Вторая версия, более прозаичная, связывает фамилию с украинским диалектным словом «юбка» — не только предмет одежды, но и вид женской безрукавки, а также, по некоторым говорам, «неповоротливый, медлительный человек». Если предок получил прозвище от этой лексемы, то Юбко могло означать «тот, кто носит юбку» (возможно, портной или человек с женственной походкой) или, реже, «медлительный». Однако первая версия — от имени Юрий — выглядит убедительнее хотя бы потому, что модель «имя + -ко» была массовой на западнорусских землях.

Географически фамилия сосредоточена в Гомельской и Брестской областях Беларуси, а также в приграничных районах Украины — на Волыни и в Житомирщине. В России встречается редко, в основном как след переселения конца XIX — начала XX века. В документах XVIII–XIX веков Юбко встречаются среди казаков Черниговщины и мещан Могилёвской губернии, что указывает на разночинное происхождение: фамилия не была дворянской и не закрепилась за духовенством.

Интересная деталь: в старых метрических книгах фамилию иногда записывали как Юбков — с русским суффиксом -ов, но в быту носители сохраняли исходную форму на -ко. Такая вариативность типична для фамилий, попавших в великорусскую канцелярскую среду из украинского или белорусского обихода.