Фамилия Юдковская — женская форма фамилии Юдковский, а та, в свою очередь, образована по типичной для восточнославянских земель модели с суффиксом -ск(ий). Этот суффикс в XVI–XIX веках чаще всего указывал на дворянское происхождение (так называемые «княжеские» фамилии по названию владения) или на принадлежность к определённой местности. Однако для фамилий с основой на -уд-/-юд- стоит присмотреться внимательнее: они не так часты, как, скажем, Ивановские или Петровские.

Корень «Юдк-» восходит к личному имени или прозвищу Юдко. Это старинная уменьшительная форма от полного крестильного имени Иуда (др.-евр. «хвала Господу»). В православной традиции имя Иуда носило двойственное значение: с одной стороны, это апостол Иуда Фаддей (не предатель), с другой — Иуда Искариот, поэтому имя хоть и входило в святцы, но в народе было непопулярно и часто переосмыслялось. Однако на западнорусских землях, особенно в Беларуси и на Волыни, где сильнее было влияние униатства и польской традиции, имя Юда (через польское Juda) встречалось чаще. От него и образовалось ласкательное Юдко.

Таким образом, Юдковский — это первоначально «сын Юдка», а затем, после закрепощения суффикса, — фамилия, указывающая на родовое гнездо: человек из семьи Юдков, из местечка Юдковичи или с хутора Юдкова. Географическая привязка здесь не случайна: фамилии на -ский в польско-литовской традиции охотно давали шляхте, владевшей землёй, но на практике этот суффикс со временем «демократизировался» и мог принадлежать и крестьянам, и мещанам, особенно если они переезжали в город и брали фамилию по названию родной деревни.

В современной России фамилия Юдковская встречается редко, чаще — в варианте Юдковский. Её носители, скорее всего, имеют корни из западных областей: Беларусь, Украина (Житомирская, Ровенская области), а также из еврейской среды, где имя Юда (Йегуда) было особенно распространено. В еврейской традиции фамилия могла быть искусственно образована от отчества (патроним) или по месту жительства в местечке Юдково. Спор между славянским и еврейским происхождением решается просто: если фамилия зафиксирована в метриках православной церкви конца XIX века — это славянский вариант; если в ревизских сказках черты оседлости — еврейский. Оба пути возможны, и оба ведут к одному корню — имени Юда.