Фамилия Юдковский образована от имени Юдко. Оно представляет собой производную форму имени Иуда, которое в переводе с древнееврейского означает «хвала Бога». Согласно преданию, он проповедовал в Палестине, в Аравии, Сирии и Месопотамии, и умер мученической смертью в Армении во второй половине I века. Возможно также, что фамилия Юдковский происходит от аналогичного прозвища, восходящего к топониму Юдково. Так называется ряд населенный пунктов в России и Украине, например, в Ростовской и Донецкой областях. Можно предположить, что обладатель прозвище Юдковский был выходцем из Юдково. Таким образом, потомок человека, которого звали Юдко, со временем получил фамилию Юдковский.