Фамилия Юдкова — женская форма фамилии Юдков, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. Сама фамилия Юдков образована от прозвища или имени Юдко. В русской ономастике суффикс -к- в основе обычно указывает на уменьшительную или обиходную форму имени или прозвища. Таким образом, Юдко — это, скорее всего, сокращённый вариант от одного из полных имён: Юда (каноническое имя Иуда) или Юрий (в народных говорах — Юрко, Юхно, Юдко). Первая версия ведёт к библейскому имени Иуда, которое в крестьянской среде не было редкостью, несмотря на негативный оттенок в евангельской истории. Вторая версия связывает Юдко с именем Юрий (Георгий), которое в древнерусском языке давало множество производных форм.

Региональная привязка фамилии Юдков довольно отчётливая. Наибольшее распространение она получила на юге России, в частности в Воронежской, Ростовской областях, а также на Кубани. Встречается она и в Белоруссии, где суффикс -ко типичен для фамилий. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, вероятно, происходили из южнорусских или белорусских земель. Сама модель образования (основа на -о + суффикс -ов) характерна для фамилий, возникших в среде служилых людей и казачества, где прозвища на -ко были распространены.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу Юд- с диалектным словом «юд» или «юда» — в некоторых говорах так называли беспокойного, суетливого человека или, наоборот, плаксу (от «юдить» — докучать, ныть). В этом случае фамилия могла закрепиться за человеком с определённым характером, но такая трактовка менее обоснована, чем антропонимическая (от имени), поскольку прозвища от глагола «юдить» чаще давали в форме Юда, а не Юдко.

В итоге, самым правдоподобным объяснением фамилии Юдкова остаётся «сын (или потомок) Юдка», где Юдко — это обиходная форма крестильного имени Юрий или Иуда. Сословная принадлежность предков могла быть разной: от крестьян до казаков, но география фамилии указывает скорее на южнорусские регионы, где такие формы были нормой.