Фамилия Ючковский — довольно редкая, и её происхождение стоит искать не в географическом названии, а в прозвище или личном имени предка. Основа «Ючк» почти наверняка восходит к уменьшительной форме одного из крестильных имён. Самое вероятное — Юрий (в просторечии Егор, Юрка), где «Ючко» могло быть ласкательным вариантом по аналогии с «Юрко». Менее вероятна, но возможна связь с именем Иуда (в народной форме Юда), хотя это имя было редким из-за негативных евангельских ассоциаций. Третья версия — отчество от прозвища Ючка, которое могло означать «южный», «южанин» (от слова «юг»), но это предположение слабее, так как в русских говорах такое прозвище почти не фиксируется.

Суффикс -ский указывает на то, что фамилия сформировалась в среде польской или западнорусской шляхты, а также среди духовенства. В отличие от крестьянских фамилий на -ов/-ин, модель на -ский часто давали по названию имения или местечка. В данном случае логичнее предположить, что Ючковский — это фамилия, образованная от прозвища отца (Ючко) с добавлением шляхетского суффикса, то есть «сын Ючка». В польской ономастике такой тип распространён: от прозвища прибавляли -овский/-евский, подчёркивая принадлежность к роду. Встречается и обратная ситуация — фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта вроде Ючково или Ючки, но такие топонимы сегодня не массовы.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Речи Посполитой — современным Беларуси, Украине и восточной Польше. В Российской империи носители фамилии Ючковский чаще всего записывались в дворянских родословных книгах Волынской, Киевской и Минской губерний. Социальный состав — мелкопоместная шляхта, реже — духовенство. Встречаются и единичные случаи, когда фамилию давали семинаристам при поступлении в духовное училище — искусственно, от прозвища или места рождения, но для Ючковских это не основная версия.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Ючков, Ючкин, Ючко — все они образованы от той же основы, но суффикс -ский выдаёт более высокий социальный статус первых носителей. Если Ючков — это типичный крестьянский вариант («чей? — Ючков сын»), то Ючковский — вариант шляхетский, панский. В современных базах фамилия встречается редко, что говорит о сохранении узкого ареала или о вымирании рода.