Фамилия Юхарин — одна из тех, где за простым звучанием скрывается неочевидная история. В ней нет суффикса -ов или -ин, указывающего на прямое отчество от крестильного имени. Вместо этого мы видим суффикс -ин, который в русской модели фамилий обычно крепится к основе, оканчивающейся на -а или -я: Юхарин — от основы Юхаря. Значит, в основе лежит прозвище или неканоническое имя Юхаря.

Корень здесь — Юх-. Это усечённая или народная форма от крестильного имени Иоанн (Иван) или, реже, от Юрий (Георгий). В русских говорах имя Иван через диалектное «Ивон» или «Ювон» давало формы Юхно, Юха. В украинском и белорусском языках «юха» — это уха, навар, жидкая похлёбка. Прозвище Юхаря могли дать любителю ухи, повару или человеку, который постоянно «варил кашу» в переносном смысле — создавал хлопоты. Но версия с именем Юрий слабее: для него характерны формы Юр- (Юрин, Юркин), а Юх- — это почти всегда производное от Иван.

Фамилия редкая, её география тяготеет к Поволжью и северо-западным областям России, где были сильны диалектные формы имени Иван. Встречается также в среде мордвы-эрзи, где имя Юха (Юхо) бытовало как самостоятельное дохристианское имя. В этом случае фамилия могла закрепиться без связи с русским Иваном, а от местного имени со значением «лебедь» или «светлый» — но это уже гипотеза для этнически смешанных регионов.

Сословно Юхарины, скорее всего, крестьяне или однодворцы. Фамилия не аристократическая, суффикс -ин здесь не «дворянский» (как в фамилиях на -ов), а типичный для простого люда: образован от прозвища на -я. Если искать однокоренные параллели — это Юхин, Юхнов, Юхнин. Все они, как и Юхарин, ведут родословную либо от Ивана, либо от местного диалектного слова, но не от редкого имени.