Фамилия Юксовский — редкая, и её происхождение напрямую связано с географией. Скорее всего, её получил человек, живший на реке Юкс или на берегу озера Юксовское. Такое название носит озеро в Ленинградской области, а также река Юкса в бассейне Свири. Формант -ский в русских фамилиях типичен для дворянских или шляхетских родов, но также часто указывает на место жительства: «тот, кто с Юксы». Это значит, что предок носителя фамилии мог быть выходцем из деревни или погоста, стоявшего на этой реке.

Однако есть и вторая версия — от гидронима Юкса, который имеет финно-угорские корни. В языках вепсов или карел слово «юкс» может означать «лебедь» или «молоко». Если так, то прозвище Юкса давали человеку со светлыми волосами или белой кожей — по ассоциации с молоком. Но эта версия менее надёжна: фамилии на -ский редко образуются напрямую от прозвищ, чаще от топонимов.

Суффикс -овск- в фамилии Юксовский — редкий гибрид. Обычно фамилии на -ский образуются от названий на -ск (например, Смоленский), но здесь к основе Юкс- добавлен сначала патронимический суффикс -ов, а затем уже -ский. Такая модель встречается, когда топоним уже имел форму притяжательного прилагательного: Юксов (хутор, усадьба) → Юксовский. Это косвенно подтверждает, что фамилия могла возникнуть не в XVI–XVII веках, а позже, в XVIII–XIX, когда помещики давали крестьянам фамилии по названиям своих имений.

Встречается фамилия в основном на северо-западе России — в Архангельской, Вологодской и Ленинградской областях. Сословная принадлежность предков могла быть разной: от государственных крестьян до обедневших дворян. Но чётких данных о конкретных носителях фамилии в исторических документах мало — это редкий случай, когда топонимическое происхождение надёжнее любых архивных упоминаний.