Фамилия Юковский образована по типичной для восточнославянских фамилий модели с суффиксом -ский. Изначально такие фамилии указывали на географическую привязку: владельца поместья или выходца из конкретного места. В основе фамилии лежит топоним Юково или Юковка. На карте России и Украины таких названий несколько — деревни Юково есть в Тверской, Костромской, Вологодской областях, а село Юковка встречается на Украине. Человек, переселившийся оттуда, получал прозвище «Юковский», то есть «тот, кто из Юкова».

Корень Юк- в топонимах обычно связывают с некалендарным личным именем или прозвищем Юк. В старину «юком» в некоторых говорах называли нечто согнутое, кривое, скрюченное, а также человека с такой осанкой или характером. Есть версия, что это вариант имени Юрий или Юрка в местном произношении, но она менее убедительна: переход «р» в «к» для русских говоров нехарактерен. Правдоподобнее, что основа — прозвище по внешности или поведению, как и в случае с фамилиями Юков, Юкин, Юкша.

Фамилия Юковский встречается реже, чем простая форма Юков. Суффикс -ский в прошлом часто присваивался детям священников или мелким дворянам, но в XIX веке его активно давали при записи в семинариях и военных училищах. Поэтому Юковский мог появиться и как «искусственная» фамилия, данная ученику духовного училища от фамилии отца Юков или от названия села, где тот родился.

Среди носителей фамилии нет широко известных исторических фигур, вошедших в энциклопедии. Это редкая, «кабинетная» фамилия, которая скорее говорит о том, что предок жил в небольшом сельском поселении Юково, а позже перебрался в город или получил образование. В современной России Юковские встречаются в основном в центральных областях и на юге страны, что совпадает с географией возможных исходных топонимов.