Фамилия Юпаев — одна из тех, что сразу выдают своё происхождение через суффикс. Модель «-ев» указывает на притяжательное значение: «чей?» — Юпаев, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Юпай. Суффикс «-ев», а не «-ов», ставится после мягких согласных и шипящих, что здесь и происходит.

Основа фамилии — личное имя Юпай. Это краткая, народная форма от канонического имени Евсевий (греч. Eusebios — «благочестивый»). В русской бытовой традиции церковные имена часто сокращали и переделывали до неузнаваемости: Евсевий превращался в Евсей, а от него через уменьшительные суффиксы возникали Юпа, Юпай, Юпка. Похожая цепочка — Евсеев, Юпатов, Юпин. Так что Юпаев — это «сын Юпая», а Юпай — домашнее имя мальчика, крещённого Евсевием.

Есть и другая версия, менее вероятная, но не лишённая оснований: от тюркского прозвища. В татарском и башкирском языках «юпа» означает «грубый, неотёсанный» или «чурбан» (в прямом и переносном смысле). Прозвище Юпай могли дать человеку крепкому, простоватому или медлительному. Однако суффикс «-ев» — типично русский, а не татарский, и если бы фамилия была чисто тюркской, она скорее оформилась бы как Юпаев через русскую канцелярию, но тогда исходное имя звучало бы иначе (например, Юпай — от тюркского «йыуа» — мягкий, тихий, что даёт совсем другое значение). Поэтому версия с Евсевием выглядит убедительнее: она объясняет и форму, и широкое бытование фамилии в русских регионах.

География фамилии Юпаев довольно узкая. Основной массив сосредоточен на Средней Волге: в Чувашии, Татарстане, Ульяновской и Самарской областях. Там фамилия встречается и у русских, и у крещёных татар, и у чувашей — что косвенно подтверждает её происхождение от православного имени, принятого в многонациональной среде. Встречаются также варианты написания через «ё» — Юпаёв, но это уже результат местных говоров и ошибок в документах.

Социальный контекст типичен для фамилий на «-ев»: это крестьянская или мещанская среда, где отчество в форме притяжательного прилагательного закрепилось как фамилия в XIX веке. Никаких дворянских родов Юпаевых не зафиксировано, что только подтверждает народное, бытовое происхождение.