Фамилия Юпашев — довольно редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. Основная версия связывает её с тюркскими корнями, что типично для фамилий, оканчивающихся на -ев, образованных от восточных личных имён. В основе лежит имя Юпаш — это одна из фонетических форм тюркского имени Юбаш (или Юбас), которое состоит из двух частей: «йу» (дом, род) и «баш» (голова, глава). Таким образом, имя Юбаш могло означать «глава рода» или «старший в доме». В русской среде конечный звук «ш» закрепился, и при адаптации имя превратилось в Юпаш, от которого через притяжательный суффикс -ев и возникла фамилия.

Менее вероятна, но возможна связь с финно-угорскими языками, в частности с марийским или удмуртским. В марийском языке есть слово «юпа» — столб, надгробный памятник или сруб. Если прозвище Юпаш дали человеку, занимавшемуся изготовлением таких столбов или жившему у заметного ориентира, то фамилия могла возникнуть и на этой почве. Однако тюркская версия выглядит убедительнее, поскольку модель образования фамилий от имён на -баш (Кадырбашев, Кульбашев) широко распространена у татар, башкир и чувашей.

Суффикс -ев указывает на русскую форму фамилии, которая закрепилась у крещёных представителей тюркских народов. Сословно предки Юпашевых, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, а не дворянами — фамилия не фиксируется в родословных книгах российского дворянства. Географически фамилия встречается в Поволжье (Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область) и на Урале, что подтверждает её связь с тюркской ономастикой региона.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Юпашев стоит в одном ряду с Юпатовым (от имени Юпат) и Юпановым (от Юпан). Разница в суффиксах (-ев, -ов, -ин) здесь не меняет смысла — все они указывают на принадлежность к одному корню. Написание фамилии устойчиво: через букву «а» в корне, хотя в старых документах могла встречаться форма Юпошев — это следствие акающего произношения в южнорусских говорах.