Фамилия Юпашева — женская форма фамилии Юпашев. Её основа, скорее всего, ведёт к тюркскому имени Юпаш, которое могло быть как полным, так и прозвищным. В тюркских языках «юпа» или «йыпа» может означать «тёплый», «ласковый», а суффикс -аш придаёт уменьшительно-ласкательный оттенок. То есть Юпаш — это что-то вроде «ласковый», «милый», и такое имя могли дать ребёнку как пожелание мягкого характера.

Модель образования фамилии типична для русского Поволжья и Приуралья. Суффикс -ев (вместо более привычного -ов) появляется после мягких согласных и шипящих: Юпаш → Юпашев. Такое окончание часто встречается у фамилий, возникших в среде крещёных татар, башкир, чувашей или мордвы, где тюркские имена легко адаптировались через русские патронимические суффиксы. Географически фамилия Юпашева тяготеет к Оренбургской области и Башкортостану — именно там в метрических книгах XIX века встречаются носители этой фамилии, чаще всего из сословия государственных крестьян.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с марийским или удмуртским словом «юпа» — «столб», «свая». В таком случае прозвище Юпаш мог получить человек высокий и прямой, либо плотник, ставивший опоры для построек. Но эта гипотеза слабее: в марийской ономастике фамилии на -ев от подобных основ редки, а тюркское происхождение объясняет и суффикс, и географию.

В отличие от фамилий на -ин, которые чаще указывали на принадлежность к матери (например, «сын Марьи»), Юпашев — типичная «отцовская» фамилия: её дали по имени или прозвищу отца. В документах XIX — начала XX века форма Юпашева встречается и как неизменяемая, что характерно для записей, где женщину называли по мужу: «крестьянка Юпашева» без указания имени. В современном употреблении фамилия склоняется по правилам русского языка, и её носительницы могут проследить корни до тюркского имени, означавшего мягкость и тепло.