Фамилия Юпаткина — женская форма фамилии Юпаткин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Юпатка. В русской ономастике суффикс -к- часто указывает на уменьшительно-ласкательную или пренебрежительную форму имени. В данном случае Юпатка — это производное от личного имени Юпа, которое, в свою очередь, может быть вариантом канонического имени Иуда (через народную форму Юда) или диалектным сокращением от Юпитер (редкое языческое имя, встречавшееся в старообрядческой среде). Однако есть и более прозаичная версия: в некоторых говорах «юпа» означало «юбка», «верхняя одежда», а «юпатка» — «короткая юбка» или «безрукавка». Тогда прозвище могли дать портному, торгующему одеждой, или человеку, который носил необычную, короткую верхнюю одежду.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Юпаткин — сын или потомок Юпатки. Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, где активно использовались прозвищные формы на -ка. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных имен, -ин чаще закреплялся за прозвищами и уменьшительными именами, что делает Юпаткина характерным примером «прозвищной» фамилии.

Географически фамилия редкая. Основные очаги — Тверская, Псковская и Новгородская области, а также отдельные поселения в Сибири, куда переселенцы принесли прозвище. В дореволюционных переписях Юпаткины встречаются среди крестьян и мещан, но не в дворянских родословных книгах. Это значит, что предки носителя фамилии, скорее всего, были свободными крестьянами или ремесленниками, а не служилыми людьми.

Спорный момент: некоторые исследователи связывают Юпатку с коми-пермяцким «юп» — «река» или «вода», но эта версия слаба, так как фамилия почти не встречается в Прикамье и не имеет типичных для финно-угорских фамилий суффиксов (-ев, -ов). Правдоподобнее всё же славянская основа, связанная с одеждой или уменьшительным именем.