Фамилия Юпаткин — редкий случай, где суффикс -ин указывает не на отчество от крестильного имени, а на прозвище по профессии или внешности. В основе лежит слово «юпатка» — так в северных и сибирских говорах называли короткую верхнюю одежду, род кафтана или куртки. Слово происходит от финно-угорского «юпа» (шуба, тулуп), заимствованного через коми-зырянские диалекты. Таким образом, Юпаткин — это «сын того, кто шьёт или носит юпатку», то есть портной, скорняк или просто человек, примечательный своей одеждой.

Суффикс -ин в этой фамилии типичен для русского севера и Поволжья, где прозвища на -ка легко превращались в фамилии: Юпатка → Юпаткин. Если бы фамилия образовалась от полного календарного имени, она звучала бы иначе — например, Иупаткин (от Иупат, редкой формы имени Ипатий). Но форма без начального И- прямо указывает на прозвище, а не на имя. Встречается фамилия в основном в Кировской области и Удмуртии — регионах, где исторически было сильное коми-пермяцкое влияние.

Есть и другая, менее вероятная гипотеза: от тюркского «юпат» (утешение, успокоение). Но тогда фамилия приобрела бы суффикс -ов, а не -ин, и её география сместилась бы на юг. Поэтому связь с одеждой — основная.

В дореволюционных переписях Юпаткины чаще всего числились государственными крестьянами Вятской губернии. Прозвище Юпатка могло закрепиться за человеком, который торговал или шил эту одежду, либо за тем, кто постоянно ходил в одном и том же кафтане — характерная деталь, которую соседи запоминали и передавали детям как фамилию.