Фамилия Юргаев — редкий случай, когда географическое название могло стать родовым прозвищем раньше, чем появилась сама фамилия. В основе лежит топоним Юрга — так называются несколько рек в Сибири (притоки Томи и Чулыма) и деревня в Кемеровской области. Но прямое значение слова «юрга» неочевидно: в тюркских языках есть корень йур/юр со значением «земля, стоянка, кочевье», а в русских говорах «юрга» могло означать непоседливого, юркого человека. Скорее всего, прозвище Юрга дали пришлому человеку — выходцу с реки Юрги или из одноимённой деревни.

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: суффикс -ев присоединялся к основам, оканчивающимся на согласный или -а/-я. Форма Юргаев — притяжательное прилагательное, отвечавшее на вопрос «чей?», то есть «сын Юрги». Суффикс -ев, а не -ин, указывает, что основа воспринималась как мягкая или оканчивалась на редуцированный звук, что характерно для диалектного произношения.

География фамилии подтверждает сибирское происхождение: наибольшая плотность носителей Юргаевых зафиксирована в Кемеровской области, Новосибирской области и Алтайском крае. Это области активного переселения русских в XVII–XVIII веках, где ойконимы типа Юрга были широко распространены. В центральной России фамилия практически не встречается, что делает её ярким маркером сибирского корня.

Версия о происхождении от тюркского имени Юргай (с возможным значением «быстрый, резвый») менее вероятна: такие антропонимы не фиксируются в достоверных источниках по Золотой Орде или Казанскому ханству. Скорее всего, перед нами чисто русская фамилия, образованная от местного прозвища, которое закрепилось за первопоселенцем в Сибири.