Фамилия Юргатов — одна из тех, чья основа уводит нас не в древнерусские имена, а на южные и восточные окраины Российской империи. В её основе лежит тюркское имя Юргат, которое встречается у татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья. Само имя восходит к тюркскому корню «йор» или «юр» — «ходить», «двигаться», и может означать «быстрый», «резвый» или «тот, кто постоянно в пути». В русской среде это имя превратилось в прозвище, а затем, при оформлении фамилий, получило стандартный патронимический суффикс -ов. Таким образом, Юргатов — буквально «сын Юргата».

Модель образования здесь классическая для русских фамилий тюркского происхождения: основа-имя плюс суффикс принадлежности. Однако интересна география. Фамилия Юргатов не является широко распространённой, и её очаги стоит искать не в центральных губерниях, а в регионах с давними тюркско-русскими контактами: в Оренбуржье, на Урале, в Западной Сибири. Именно там, в среде казачества и крестьян-переселенцев, тюркские прозвища часто становились основой для фамилий, закрепляя за родом память о предке-кочевнике или человеке с восточными корнями.

Встречается и более редкая, но возможная версия: связь с топонимом Юргат или Юргаты. В Сибири есть несколько мелких речек и урочищ с похожими названиями, восходящими к тому же тюркскому корню. В таком случае фамилия могла образоваться от прозвища человека, пришедшего с этих мест, — «юргатский», то есть с реки Юргат. Однако эта гипотеза менее вероятна, так как суффикс -ов в русской антропонимии редко крепится к топонимам напрямую (обычно через суффикс -ский: Юргатский). Поэтому версия с личным именем остаётся основной.

Примечательно, что фамилия сохранила редкое сочетание звуков — мягкое «г» перед «а» (Юргат, а не Юргат), что характерно для тюркских заимствований, где звук передавался на слух. В документах XIX — начала XX века встречаются варианты написания Юргатов и Юргатовъ, но современная орфография закрепила единственный вариант с буквой «о» в окончании. Сословно предки Юргатовых, скорее всего, относились к государственным крестьянам или казакам — среда, где тюркские корни не были редкостью и не воспринимались как нечто чужеродное.