Фамилия Юськин образована от имени или прозвища Юська. Это краткая, уменьшительная форма одного из крестильных имён: Иосиф, Юстин или Ювеналий. На слух ближе всего Иосиф — через народную форму Осип, Оська и дальше, с заменой начальной гласной, Юська. В русской ономастике такие переходы «о» в «ю» встречаются в диалектах, особенно на юге и западе России, где аканье и мягкое произношение давали неожиданные варианты.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Юськин — «чей?» — сын Юськи. Модель типична для фамилий, которые закрепились в XV–XVII веках в среде крестьян и посадских людей. Дворянских родов с такой фамилией почти не было, она оставалась фамилией простого сословия.

Вторая версия, менее распространённая, но не лишённая оснований, выводит основу из тюркских языков. В некоторых тюркских диалектах «юсь» или «йус» означает «сто», а также могло быть частью составных имён. Однако для русского фамильного гнезда Юськиных эта гипотеза слаба: нет ни географической привязки к татарским регионам, ни сведений о прозвищах со значением «сотня» в русской среде.

Географически Юськины встречаются в основном в центральных и северных областях России — в Костромской, Вологодской, Кировской областях. Это совпадает с зоной распространения суффикса -ин и уменьшительных форм на -ка. В южных регионах фамилия редка.

Интересная деталь: фамилия Юськин не имеет однозначного соответствия в украинском или белорусском ономастиконе. Там чаще встречается Ющенко, Юсько или Юськевич. Русский вариант с суффиксом -ин — признак того, что предок носителя был записан в документах как «Юська», а не как «Юсько», что характерно именно для северорусской традиции словообразования.