Фамилия Забелышенский — редкий случай, когда топонимическая основа «прозрачна», но география неочевидна. Словообразовательная модель проста: суффикс -ск- с окончанием -ий указывает на происхождение от названия места. В основе лежит прилагательное «забелышенский» или существительное «Забелышено» (вариант — «Забелышино»). Приставка за- означает положение «за чем-то», а корень -белыш- восходит к слову «белый».

Самая вероятная версия: фамилия образована от названия деревни или урочища Забелышино (или Забелышено). Такие топонимы типичны для северо-запада России и Беларуси. Корень «бел-» мог указывать на цвет почвы (белые пески, известняки), на обилие берёз (белоствольные деревья) или на реку с названием вроде Белая. В псковских и тверских говорах «белыш» — это также белый гриб, но для названия поселения это менее характерно.

Фамилия фиксируется в документах нечасто. Известны единичные носители в Смоленской области и на востоке Беларуси — именно там распространены топонимы с формантом -ыш- (ср. Голыши, Черныши). Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или «Общем гербовнике» нет, что указывает на крестьянское или однодворческое происхождение: предки получили фамилию по месту жительства при переписях XVIII–XIX веков.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Забелов, Белышев, Белышенцев — показывает, что форма Забелышенский самая «географическая»: она не просто называла человека «белым» или «живущим за белым местом», а привязывала его к конкретному селению. Если искать предков, стоит обратить внимание на карты Смоленской губернии и Могилёвской губернии конца XIX века — деревни с основой «Белыш-» там встречаются, хотя и не массово.