Фамилия Зафираки — редкий пример греческой фамилии, закрепившейся в русском ономастиконе. Её основа — мужское имя Зафир, которое восходит к греческому «сапфир» (sappheiros), то есть драгоценный камень. В Древней Греции и Риме сапфир почитали как священный: его небесный цвет напоминал о прибежище богов, поэтому перстни с этим камнем носили только жрецы Зевса. Считалось, что сапфир помогал понять язык оракулов, а сам камень воспринимали как застывшую каплю напитка бессмертия — испить его могли лишь боги. Голубые камни вообще служили мостом между смертным и бессмертным, символом спокойствия, созерцания и надежды.

Словообразовательная модель Зафираки характерна для греческих фамилий: суффикс -аки указывает на принадлежность к роду или происхождение с Крита, где такие окончания особенно распространены. В русском контексте фамилия могла появиться через греческих переселенцев, купцов или священнослужителей, осевших в Причерноморье, Крыму или на юге Российской империи. В отличие от славянских фамилий на -ов/-ев, Зафираки сохраняет греческую модель рода: она не склоняется по падежам и не меняется в зависимости от пола носителя.

Поскольку имя Зафир в Греции давали в честь святого Зафира или напрямую от названия камня, фамилия могла принадлежать как потомкам человека с этим именем, так и людям, связанным с ювелирным делом или торговлей драгоценностями. Однако точных сведений о сословной принадлежности или географии бытования фамилии в дореволюционной России нет — она остаётся редкостью даже среди греческих фамилий. Основная версия — прозвище по имени, а не по ремеслу, так как суффикс -аки типичен именно для патронимических образований.