Фамилия Заглинская — женская форма от Заглинский, а та, в свою очередь, — типичный пример фамилии, образованной от географического названия с помощью суффикса -ск-. Такие фамилии в Польше, на Украине и в западных областях России носили в основном дворяне, шляхта и духовенство: суффикс указывал на принадлежность к месту, а не на отчество или прозвище по профессии.

Основа «Заглин-» почти наверняка связана с топонимом Заглинье или Заглин. Таких сёл и хуторов в Беларуси, на Волыни и в Подляшье сохранилось несколько. Название происходит от словосочетания «за глиной» или «за глинищем»: имелась в виду местность за карьером, за глиняным обрывом или за участком с глинистой почвой. То есть первый носитель фамилии — человек, чей род происходил из деревни Заглинье, либо помещик, владевший землями в такой местности.

Написание через «и», а не через «ы» (Заглынский) указывает на украинскую или польскую фонетическую норму. В русских документах XIX века фамилия могла фиксироваться и как Заглинская, и как Заглинская, но современная форма закрепилась именно с мягким «и». Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Заглин, Заглинов, Заглинцев, — то Заглинская стоит особняком: она не от прозвища, а от «гнездового» названия, и это сразу говорит о сословном происхождении её носителей.

Встречается фамилия нечасто, сконцентрирована в основном в западных областях Украины и в южной Беларуси, а также в среде потомков переселенцев в Сибирь и на Дальний Восток. Известных носителей с широкой всероссийской известностью нет, что характерно для локальных дворянских и мещанских фамилий: Заглинские не были столичным родом, а жили в своих усадьбах и местечках, пока революция не разметала их по стране.