Фамилия Загубина образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Загубин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Загуба. Основа здесь — не имя, а нарицательное слово «загуба», которое в русских говорах имело два основных значения.

Первое и самое вероятное — «загуба» как синоним слова «погибель», «гибель», «убыток», «пропажа». В этом случае прозвище Загуба могли дать человеку, который часто терял вещи, был нерачительным хозяином, или, напротив, тому, кто сам «сгинул» — например, пропал без вести или вернулся после долгого отсутствия. Второе значение — диалектное, зафиксированное в северных и сибирских говорах: «загуба» означала «заливной луг», «пойму», то есть землю, которую заливает водой. Тогда прозвище могло относиться к человеку, жившему у такого луга или владевшему им.

Географически фамилия Загубина встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Кировской, Архангельской областях, а также в Пермском крае. Это говорит о том, что прозвище бытовало именно в севернорусской диалектной среде. Встречается и более редкий вариант — Загубин, причем женская форма Загубина в документах встречается чаще, так как фамилии в женском роде фиксировались по мужу или отцу.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Загуба, Загубный, Загубенко — показывает, что основа не имела отношения к ремеслу или профессии. Это типичное прозвищное имя, данное по внешней примете или по случаю из жизни. Никакой связи с глаголом «загубить» в смысле «убить» или «испортить» здесь нет: в народной речи слово «загуба» чаще означало не действие, а состояние или предмет.

Таким образом, предки носителей фамилии Загубина — скорее всего, крестьяне из северных губерний, получившие прозвище либо за рассеянность и невезучесть, либо по месту жительства на заливных лугах. Первая версия — про «погибель» — выглядит правдоподобнее, так как прозвища с негативным оттенком в крестьянской среде были обычным делом и не несли оскорбительного смысла, а служили бытовой характеристикой.