Фамилия Заикун — пример редкой словообразовательной модели, которая почти не встречается в центральной России, но типична для западнорусских и украинских земель. В её основе лежит не имя и не профессия, а физическая особенность человека — заикание. Прозвище Заика или Заикун мог получить человек с соответствующей речевой манерой, и от этого прозвища по законам местной диалектной морфологии и образовалась фамилия.

Ключевая особенность — суффикс -ун. В русском языке этот суффикс обычно образует имена деятеля от глаголов (бегун, крикун, говорун). В случае с Заикуном основа та же: глагол «заикаться» дал существительное «заикун» — «тот, кто заикается». Такие прозвища на -ун были особенно живучи в говорах Псковщины, Смоленщины, а также в белорусском и украинском языках, где суффикс -ун (-юн) встречается чаще, чем в литературном русском. Сравните с фамилиями Говорун, Крикун, Молчун — все они той же модели.

В отличие от более частых фамилий на -ов (Заикин), форма Заикун не прошла через стандартную патронимическую обработку. Она застыла в виде чистого прозвища, без добавления суффикса принадлежности. Это указывает на то, что фамилия могла оформиться достаточно поздно, в среде, где фамилии давали по устойчивому личному прозвищу, не переделывая его в притяжательную форму. Среди носителей фамилии Заикун, по данным современных справочников, преобладают жители юго-запада России и Украины, что подтверждает географическую привязку.

Версия о связи с глаголом «заикать» (начинать икать) маловероятна: слово «икота» имеет другую корневую огласовку, а «заика» всегда обозначало именно речевой дефект. Таким образом, фамилия Заикун — прозрачное, но редкое по форме прозвище, сохранившее живой диалектный суффикс и прямо указывающее на отличительную черту своего первого носителя.