Фамилия Закитина образована от мужского имени или прозвища Закита. Это краткая форма от крестильного имени Захарий (в бытовом произношении — Захария), что с древнееврейского переводится как «память Господня». В русской народной среде имя Захарий дало множество производных форм: Захар, Захарка, Захарушка, а также Закита — через упрощение «х» в «к» и утрату конечного слога. Такое фонетическое изменение характерно для северных и сибирских говоров, где звук «х» перед «а» иногда переходил в «к»: Захар → Закар → Закит. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Закитин сын, Закитина дочь. Таким образом, Закитина — это «дочь (или жена) Закиты».

Встречается и другая версия, менее распространённая: основа Закит может быть связана с диалектным глаголом «закитать» — закидать, забросать, или с существительным «кита» (связка, пучок, вязанка). В таком случае прозвище Закита могли дать человеку, который быстро закидывал сено на воз, или тому, кто вязал киты — связки хвороста, лыка. Однако эта гипотеза слабее: производные от глаголов в форме краткого причастия на -ита (типа «закита») в русском языке редки, тогда как усечение имён — постоянное явление.

Географически фамилия Закитина встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Кировской и Архангельской губерниях. В этих краях имя Захарий было очень популярно, а местная фонетика легко превращала его в Закиту. В переписных книгах XVII века можно найти крестьян и посадских людей с именем Закита, но отдельной знатной фамилии Закитиных не сложилось — она осталась в крестьянской и мещанской среде.

С точки зрения словообразования фамилия типична для русского ономастикона: суффикс -ин присоединяется к основе на -а, образуя притяжательную форму. Такой же моделью построены фамилии Захаров (от полной формы), Захаркин (от Захарка) и Закитин — вариант с более редкой, народной основой. Сегодня фамилия Закитина нечастая, но устойчиво встречается в Вологодской области и у потомков северных переселенцев в Сибири.