Фамилия Закондырин — редкий пример того, как прозвище, связанное с деталью одежды, закрепилось в качестве родового имени. В основе лежит прозвище Закондыра, образованное от слова «кондырь». Владимир Даль в своём словаре объясняет «кондырь» как «рукавный отворот; стоячий или прямой воротник мундира, рубашки; козырек фуражки». Отсюда же пошёл глагол «кондырить» — «закладывать за воротник», то есть выпивать.

Самый прямой путь к происхождению фамилии — профессиональный. Закондырой могли прозвать портного, который шил воротники, обшлага или козырьки. Но есть и другая, не менее правдоподобная версия: прозвище давали человеку, который постоянно носил фуражку с козырьком — либо по долгу службы (форменная одежда), либо просто по привычке. Козырек стал его приметной чертой, и окружающие закрепили за ним это прозвище.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Закондырин, то есть сын или потомок Закондыры. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и личных имён, оканчивающихся на -а.

Фамилия встречается в основном в центральных и южных регионах России, но не частотна. Она стоит в одном ряду с однокоренными фамилиями — Кондырин, Кондырев, Закондырев. Все они восходят к той же основе «кондырь», но различаются словообразовательными моделями: -ин, -ев, приставка за-.

Приставка за- в прозвище Закондыра может означать не только «находящийся за кондырём», но и «тот, кто постоянно при кондыре» — то есть не расстаётся с этим элементом одежды. В народной речи такие прозвища часто давались по самой заметной внешней детали.