Фамилия Занкисов — редкий случай, когда в основе лежит имя, которого в святцах не было, но которое в народе употребляли. Это отчество второго порядка: Занкисов буквально значит «внук Занки». Цепочка простая: Занка (прозвище или уменьшительное имя) → Занкис (сын Занки) → Занкисов (его потомок). Суффикс -ов указывает на русскую модель образования, а вот суффикс -ис в промежуточном звене — деталь, которая выбивается из стандартного набора.

Дело в том, что -ис (а также -ес, -ас) в русских фамилиях часто встречается на стыке с греческой или южнославянской традицией. В греческих фамилиях -ис — типичное окончание родительного падежа (например, Пападис, Христодулис), которое могло перейти в русскую среду через духовенство или купечество. Но в случае с Занкисовым более вероятно, что -ис — это просторечный вариант суффикса -ич или -ин, который в некоторых говорах (особенно южнорусских и украинских) добавляли к прозвищам, чтобы обозначить сына: «Занкин сын» звучало как «Занкис».

Само прозвище Занка, скорее всего, восходит к глаголу «занькать» — в рязанских и тамбовских говорах так говорили о человеке, который надоедает, пристаёт или канючит. Слово звукоподражательное, от «зань-зань» — имитации нудного голоса. То есть Занкой могли прозвать ворчливого или навязчивого человека. Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с диалектным «занка» (заноза, занозистый человек), то есть колкий, язвительный.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — юг России (Ростовская, Волгоградская области) и, по некоторым данным, Ставрополье. Это согласуется с южнорусской диалектной базой прозвища. В документах XVIII–XIX веков фамилия не зафиксирована в дворянских родословных книгах, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение: предки, скорее всего, были государственными крестьянами или однодворцами, которые получили фамилию уже после ревизий, когда прозвище перешло в официальный статус.

Однокоренные фамилии — Занкин, Заньков, Занкевич — встречаются чаще, но именно форма Занкисов сохранила архаичную промежуточную ступень отчества, что делает её особенно ценной для историков говоров.