Фамилия Запаликова — женская форма мужской фамилии Запаликов. Её основа — прозвище Запалика, которое, скорее всего, связано с глаголом «запалить». В русских говорах это слово имело несколько значений: поджечь, зажечь, а также быстро сделать что-то, горячо взяться за дело. Человек с таким прозвищем мог быть запальчивым, вспыльчивым, либо, напротив, поджигателем — в прямом смысле, например, выжигавшим лес под пашню. В южных и центральных регионах России «запалить» означало ещё и «запрячь», так что не исключена версия, что прозвище дали тому, кто лихо управлялся с лошадьми.

Суффикс -ик в основе — уменьшительная или прозвищная форма, типичная для русского ономастикона. Такие образования часто фиксировались в документах XVI–XVII веков в среде крестьян и посадских людей. Фамилия Запаликова нечастая, но встречается в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях, что указывает на южнорусские корни. Исходное прозвище Запалика могло закрепиться за одним человеком, а его потомки уже получили фамилию по отцу.

Словообразовательная модель проста: прозвище на -ика + патронимический суффикс -ов (чей? — Запаликов). Такая схема характерна для русских фамилий, возникших в среде непривилегированных сословий: крестьян, ремесленников, однодворцев. В отличие от дворянских фамилий на -ский, Запаликовы не имели отношения к географическим названиям или вотчинам — их фамилия прямо выросла из бытового прозвища предка.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Запаликов стоит в одном ряду с Запаловым, Запалиным, Запальцевым. Все они образованы от разных форм того же корня, но суффикс -ик в Запаликове — более редкий вариант, нежели стандартное -ов. Это делает фамилию несколько выделяющейся на фоне массовых «простых» патронимов.