Фамилия Запайщиков образована от прозвища Запайщик. Не исключено, что в основе этого прозвища лежит татарское слово «пай», которое означает «часть, доля надела или раздела, делянка в складчине, артели, товариществе». В таком случае человек по прозвищу Запайщик мог быть участником, членом одной из артелей, общин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Запайщик, со временем получил фамилию Запайщиков.