Фамилия Запайщикова образована от прозвища Запайщик. В русском языке суффикс -щик традиционно указывает на род занятий, поэтому первая и самая очевидная версия — профессиональное прозвище. Запайщиком могли называть мастера, который занимался пайкой, починкой металлической посуды, инструментов или ювелирных изделий. В крестьянском и ремесленном быту такая работа была востребована, поэтому прозвище легко закреплялось за человеком и переходило к его детям в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ов: Запайщиков, а для женщин — Запайщикова.

Однако корень «пай» допускает и другое толкование, менее очевидное, но исторически обоснованное. В русских говорах и в тюркских языках, с которыми русский контактировал веками, «пай» означает долю, часть надела, делянку в артели или складчине. Отсюда «запайщик» — не ремесленник, а участник общего дела, член артели, который внёс свою долю в общее предприятие. Такое прозвище мог получить человек, организовавший складчину или отвечавший за распределение паёв в крестьянской общине или торговой артели.

Обе версии правдоподобны, но первая — ремесленная — встречается в ономастике чаще, поскольку суффикс -щик в подавляющем большинстве случаев образует названия профессий. Вторая версия требует более узкого диалектного или заимствованного значения, что делает её менее вероятной для массового бытования, но не исключает для отдельных регионов с сильным татарским или башкирским влиянием.

Фамилия Запайщикова — редкая. Она не встречается в массовых списках дворянских или купеческих родов, что указывает на её происхождение в среде ремесленников, крестьян или мещан. Притяжательная форма на -ов закрепилась в центральных и северных губерниях России, где фамилии такого типа стали массовыми после отмены крепостного права. Таким образом, носительница фамилии Запайщикова может вести род от мастера-паяльщика или от участника артельной складчины — оба занятия были обыденными, но важными для хозяйственной жизни старой России.