Фамилия Запайщиковы образована от прозвища Запайщик, которое давалось по роду занятий или по социальному положению человека. В основе прозвища лежит понятие, связанное с долей, частью общего дела. Слово «пай» в русских говорах и в татарском языке означает «часть, доля надела, делянка в складчине или артели». Приставка «за-» в таких прозвищах часто указывала на человека, который закреплён за определённой долей или отвечает за неё. Таким образом, Запайщиком могли называть участника артели, члена товарищества или того, кто вёл учёт паёв в общине.

Модель образования фамилии — типичная для восточнославянской ономастики: суффикс -ов присоединялся к основе прозвища и указывал на принадлежность роду. Запайщиков — буквально «сын (или потомок) Запайщика». Фамилия закрепилась в среде крестьян и мастеровых, где артельная организация труда была обычным делом.

С географией фамилии сложно: в современных справочниках и телефонных книгах она встречается редко. Это говорит о том, что род был немногочисленным либо проживал в удалённых регионах, где фамилии фиксировались позднее. Однокоренных фамилий, вроде Паев, Паевских, Запаевых, больше, но Запайщиков выделяется своим конкретным указанием на профессию или статус внутри артели.

Можно предположить, что предки носителей этой фамилии были не просто пайщиками, а людьми, которые «запаивали» — то есть закрепляли доли за участниками общего дела. В любом случае, фамилия Запайщиков — редкий пример того, как в прозвище отразилась хозяйственная жизнь русской общины.